1987yılının Eylül ayında Adana Tarım Meslek Lisesi arazisinde bulunan, prefabrik binaların bir tanesinde Adana Veteriner Kontrol ve Araştırma Enstitüsü bünyesinde bulunan Gıda laboratuarının cihaz ve kimyasal maddelerinin taşınması ile Gıda ve Yem analizlerinin yapılmasına başlanmıştır.
Müdürlüğümüz kuruluşunda kullandığı mülkiyeti Adana Pamuk Üretme İstasyonu Müdürlüğü Döner Sermaye İşletmesine ait idare binası ile laboratuar Ek binası yalnız kullanma hakkı veren bir protokol ile Laboratuvar Müdürlüğümüze devredilerek, yapılan onarım ve düzenlemelerle binanın girişi laboratuvar haline getirilmiştir. 1992 Yılının Şubat ayı içerisinde Müdürlüğümüzün İdari bölümü, Fiziksel Analiz ve Değerlendirme Laboratuvarı ile Katkı ve Kalıntı Maddeleri Laboratuvarı bu binaya taşınmıştır. 1993 Yılında yapılan ek Laboratuvar binasına Kimyasal Analiz Laboratuvarı taşınmıştır.
2001 Yılında Mikrobiyoloji Laboratuvarı, 2002 Yılında Fiziksel Analiz Laboratuvarı, 2003 Yılında ise Katkı ve Kalıntı Laboratuvarı ile Mikotoksin Laboratuvarının tadilat ve onarımı yaptırılmıştır. 2006 Yılında Katkı ve Kalıntı Maddeleri Laboratuvar şefliği, Katkı Laboratuvarı Şefliği ve Kalıntı Laboratuvar Şefliği olarak iki farklı şefliğe ayrılmıştır. Ayrıca Mikotoksin Laboratuvar Şefliği Kalıntı Laboratuvar Şefliğine dahil edilmiştir.
2004 yılında, Müdürlüğümüzün hazırladığı " Gıda ve Yemlerde Hormonlar, Veteriner İlaçları, Anobolizanlar ve Mikotoksinlerin Tespiti Projesi kapsamında Adana Valiliği İl Özel İdare imkanları ile 1 adet HPLC (High Pressure Liquid Chromatography)cihazı ,Ülkemiz ve AB arasında ortak Yürütülen MEDA Projesi kapsamında 2004 yılında 32'i , 2005 Yılında 2 adet Laboratuvar cihazı Müdürlüğümüze tahsis edilmiştir.
2006 yılında Biyogüvenlik Laboratuvarı kurulmuştur. Aynı yıl Gıdalarda Ağır Metal ve Zirai İlaç Kalıntılarının İzlenmesi Projesi çerçevesinde Adana Valiliği İl Özel İdaresince 2 adet GC(Gaz Kromotografisi) ve 1 adet GC MS (Gaz Kromotografi Kütle Spektrofotometresi) cihazları alınmıştır. 2007 yılı Ocak ayında Meyve -Sebzede Pestisit (Zirai İlaç Kalıntısı) analizlerine başlanmıştır. Aynı projeden 2007 Temmuz ayı içerisinde ikinci GC-MS cihazı ve Ağır Metal-Mineral analizleri için ICP/OES (Inductive Couple Plasma / Optical Emission Spectroscopy) cihazı alınmıştır. 2008 yılında Akdeniz İhracatçılar Birliği tarafından 1 adet LC/MS/MS cihazının alınmasıyla, Rusya Federasyonuna ihracatta analizi istenilen pestistlerde daha düşük seviyelere inilmiş, ihracat analizlerinde KKGM tarafından laboratuarımız yetkili kılınmıştır. Aynı yılın Şubat ayında Mineral Analiz laboratuarımızda mineral analizlerine başlanmıştır.2009 Yılında Biyogüvenlik laboratuvarında PCR metoduyla GDO analizlerine başlamış ve bu analizde KKGM tarafından yetkili kılınmıştır.
2007 yılında Adana Pamuk Üretme İstasyonu Müdürlüğüne ait kullanılmayan Pamuk Üretme İstasyonu Laboratuar binası bir protokol ile Laboratuvar Müdürlüğümüze devredilerek, yapılan onarım ve düzenlemelerle bina laboratuvar haline getirilerek Numune Kabul ve Rapor Düzenleme Şefliği ile Mineral Analiz laboratuvarı burada çalışmalarına başlamıştır.
Müdürlüğümüz çalışma alanında her türlü ulusal ve uluslararası gelişmeleri takip ederek hizmetlerini yürütmektedir. Aynı zamanda uluslararası geçerliliğini ve kabul edilebilirliliğini sağlamak amacıyla ürün bazında yapılan deneylerde, ulusal ve/veya uluslararası standart metodlarla 21.11.2007 tarihinde TÜRKAK tarafından akredite olmuş her yıl kapsam genişleterek çalışmalarını sürdürmektedir.
2008 yılında Fiziksel Analiz laboratuarının laboratuvar hizmet alanının genişletilmesi çalışması gerçekleştirilmiş ve aynı yıl Mineral analizlerine başlanmıştır.
2010 yılında iki ayrı laboratuar olarak faaliyetine devam eden Katkı ve Kalıntı Laboratuarları birleştirilerek Katkı ve Kalıntı Laboratuarı adı altına tek bir laboratuar olarak çalışmalarını sürdürmüştür. Aynı yıl Kimyasal Analiz Laboratuarı Laboratuvar hizmet alanının iyileştirilmesi amacıyla yeni düzenlenen prefabrik binaya taşınmıştır.
2011 yılında Kimyasal Analiz Laboratuvarı, Toplantı odası, kütüphane ve ambar kısımlarının onarımı ve düzenlemeleri yapılarak modernize edilmiştir.
Ayrıca 22.08.2011 tarih ve 651 sayılı KHK ile Bakanlığımızın yeniden yapılanması kapsamında müdürlüğümüzün; İl Kontrol Laboratuvar Müdürlüğü olan ismi "Adana Gıda Kontrol Laboratuvar Müdürlüğü" olarak değiştirilmiştir.
2012 yılında Mikrobiyoloji ve Biyogüvenlik Laboratuvar birimlerinin 29.12.2011 tarihinde yayınlanan "Gıda Kontrol Laboratuvarlarının Kuruluş, Görev, Yetki ve Sorumlulukları ile Çalışma usul ve Esasları" yönetmeliğine uygun olacak şekilde tek yönlü akış sistemine göre modernizasyonu yapılmıştır.
2012 yılında Kimyasal Analiz Laboratuvarına RID dedektörlü HPLC cihazı alınmıştır.
2013 yılında Katkı ve Kalıntı Laboratuvarına FLD –DAD dedektörlü HPLC ve Had Space cihazları alınmıştır.