Müdürlüğümüz, 16 Ekim 1973 yılında Ordu'da kurulan Veteriner Sağlık Kontrol Laboratuvar Müdürlüğü'nün 1985 yılında reorganizasyonla kapatılmasından sonra 1986 yılında İL KONTROL LABORATUVAR MÜDÜRLÜĞÜ adı altında aynı binada ve Mülga Müdürlüğü'nün demirbaşlarını devralarak hizmete başlamıştır.
9 Haziran 2011 tarihli ve 27958 mükerrer sayılı Resmi Gazete'de yayımlanarak yürürlüğe giren 639 sayılı "Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığının Teşkilat ve Görevleri Hakkında Kanun Hükmünde Kararname" ile Bakanlığımız yeniden yapılanmış ve bu kapsamda "İl Kontrol Laboratuvar Müdürlükleri" isim değiştirerek, "Gıda Kontrol Laboratuvar Müdürlüğü" olmuş ve "Gıda ve Kontrol Genel Müdürlüğü"ne bağlanmıştır. Halen bu statüde çalışmalarına devam etmektedir.
Kuruluş Amacı
Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığının Teşkilat ve Görevleri arasında bulunan gıda ve yem maddeleri ile bunların üretiminde kullanılan her türlü ham ve yardımcı maddelerin, yarı mamül gıda maddeleri ile yan ürünlerinin denetim, ithalat, ihracat, özel istek ve üretim izni numunelerinin kalite ve güvenilirlik analizleri ve kontrolü, su ürünleri, su, su kirliliğinin kontrolü ve hayvan hastalıklarının teşhisi amacıyla kurulmuştur.