Bakanlığımız görevleri arasında bulunan gıda ve yem maddeleri ile bunların üretiminde kullanılan her türlü ham ve yardımcı maddelerin, yarı mamul gıda maddeleri ile yan ürünlerinin ve gıda ile temas eden ambalaj materyallerinin denetim, ithalat, ihracat, özel istek ve üretim izni numunelerinin kalite ve güvenilirlik analizleri ve kontrolü ile tohumluk, su ürünleri, su, su kirliliğinin kontrolü ve hayvan hastalıklarının teşhisi amacıyla Gıda Tarım Hayvancılık Bakanlığı Gıda İşleri Genel Müdürlüğünün 16/06/1980 tarihli ve 71-703-36301/62436 sayılı emirleri ile 9 nolu genelgesiyle Gıda Kalite Kontrol Laboratuvar Müdürlüğü kurulmuş, Erzincan İlinde Veteriner İşleri binasının üçüncü katında hizmete başlamıştır. Ekim 1986 tarihinde İl Tarım Müdürlüğüne bağlı İl Kontrol Laboratuvar Müdürlüğüne dönüştürülmüştür. 1987 yılında Fatih Mahallesi Mülga Hayvancılığı Geliştirme İl Müdürlüğü binasına taşınmıştır. Çalışmalarına burada devam etmiştir.
Tarım ve Köyişleri Bakanlığının 16/01/1995 tarihli ve 2.4-94/5 sayılı emirleri ile İl Tarım Müdürlüklerinden ayrılan Müdürlüğümüz, diğer İl Kontrol Laboratuvar Müdürlükleri ile birlikte, Koruma ve Kontrol Genel Müdürlüğüne bağlanmıştır. Bakanlığımızın 01/12/2000 tarih ve MKD-BDR.0.05.2000/4074/120438 sayılı emirleri doğrultusunda İl Tarım Müdürlüğüne tekrar bağlanmıştır.
08/06/2011 tarihli 639 sayılı KHK kapsamında isim değişikliği ile "Erzincan Gıda Kontrol Laboratuvar Müdürlüğü" adı altında Gıda ve Kontrol Genel Müdürlüğü'ne bağlı kuruluş olarak faaliyetlerini yürütmektedir.