Denizli Gıda Kontrol Laboratuvar Müdürlüğü 1949 yılında Veteriner Müdürlüğüne bağlı olarak "Keçi ciğer ağrısı aşısı" üretmek amacıyla kurulmuş ve 10 yıl, bu maksatla çalışmıştır. 1959 yılında müstakil Veterinerlik Laboratuvarı haline getirilmiştir. 01.05.1967 tarihinden sonra Bölge Veteriner Laboratuvarı olarak faaliyet göstermiş. 1985 yılında Tarım ve Köyişleri Bakanlığı bünyesinde yapılan reorganizasyon ile "Tarım ve Köyişleri Bakanlığı Denizli İl Kontrol Laboratuvar Müdürlüğü" adını almıştır. 28.11.2000 tarih ve 135 sayılı Bakanlık Olur'ları doğrultusunda aynı isim altında Bakanlık İl Tarım Müdürlüğüne Bağlı Kuruluş haline getirilmiştir. Daha sonra 31. 01. 2006 tarih ve 540 sayılı bakanlık oluru ile T.K.B. Koruma ve Kontrol Genel Müdürlüğü'ne bağlı müstakil bir müdürlük haline getirilmiş olup; 08.06.2011 tarihli ve 27958 sayılı Resmi Gazetede yayımlanan 639 Sayılı "Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığının Teşkilat ve Görevleri Hakkında Kanun Hükmünde Kararname" ile Denizli Gıda Kontrol Laboratuvar Müdürlüğü adını almış faaliyetlerine bu halde devam etmektedir.