5018 sayılı Kamu Mali Yönetimi ve Kontrol Kanunu Kapsamında kurumun yönetimi ve personeli tarafından hayata geçirilen, belirlenmiş hedeflere ulaşmasında ve misyonunu gerçekleştirmesinde makul bir güvence sağlamak üzere aynı kanunun 55, 56, 57, 58 inci maddeleri ile 1 sayılı Cumhurbaşkanlığı Teşkilatı Hakkında Cumhurbaşkanlığı Kararnamesinin 220/A maddesine dayanılarak İç Kontrol Birimi kurulmuş ve faaliyetlerine devam etmektedir.